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Ambertool和acpype安装和使用
AmberTools对于GROMACS用户来说，主要是使用其生成小分子的itp文件。这里为大家介绍一下AmberTool、acpype简单快速的安装方法和使用方法。不需...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
958
如何模拟有机分子晶体
对于有机分子晶体结构的模拟来说，生成其分子的itp结构需要一定的技巧。不然生成的分子itp原子顺序就和分子结构对不上。下面介绍最简单的方法...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
411
结合能计算工具使用方法
1.gmx_MMPBSA介绍2021年发展的gmx_MMPBSA工具令GROMACS用户可以直接利用免费的AmberTools的MMPBSA.py进行结合自由能计算。该程序支持高版本的...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1613
自由能形貌绘制
1.自由能形貌图(freeenergylandscape，FEL）自由能形貌图，就是用一张图来表示分子的构象自由能的变化。比如文献中常见的这类图：图上不同的能...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
376
Gromacs-2023的CPU+GPU版安装方法
2023年，Gromacs推出了2023版本，其相较于以前的版本有了较大的更新，以及修复了很多bug。主要亮点如下：1.全局通信频率不再依赖于nstlist,因...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1583
基于windows版本的gromacs-2023的CPU+GPU版安装方法
2023年，gromacs推出了2023版本，其相较于以前的版本有了较大的更新，以及修复了很多bug。主要亮点如下：1.全局通信频率不再依赖于nstlist,因...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1507
所有原子的LJ参数
在做分子动力学模拟的时候，对于元素周期表靠后的一些原子，GROMACS和大部分生成ITP文件的软件或方法均不能支持。需要用户手动去设置一些参数...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1016
Autodock分子对接教程
Autodock是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是http://autodock.scripps.edu/，目前最新的版本是AutoDock4.2.6，包括AutoDock和AutoG...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1873
DeepChem教程-1.1：DeePChem介绍
深度生命科学的基本工具欢迎来到DeepChem的深度生命科学入门教程。本系列笔记本是一个循序渐进的指南，可帮助您了解为生命科学进行深度学习所...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1608
DeepChem教程-1.2：使用数据集
使用数据集数据是机器学习的核心。本教程介绍DeepChem用于存储和管理数据的“Dataset”类，它为处理大量数据提供了简单且功能强大的功能，它支...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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